在人文科学的研究方面，京都大学同样十分重视具有自己的特色，在京大历史上也出现了不少世界著名的优秀学者，有的还得到日本文化勋章，如日本哲学宗师西田几多郎，法学的佐佐木恣。中国史的的贝冢茂树，中国文学的吉川幸次郎等。
文学部附属文学博物馆收藏有5万年以前至现在的许多珍贵出土文物，其中不少是国宝。还有来自日本、高丽、中国、印度、中亚、埃及、欧洲和美洲等国的达20万件古代展品。1987年对外开放，展品在日本和其他国家多次展出。
文学部另一机构中亚研究所(羽田会馆)藏有许多早年从我国沈阳带过去的重要文物的摄影和一万多种重要文献资料，在国内外享有极高的声誉，因而京都大学文学部成为外国留学生最为憧憬的留学之地。
校属人文科学研究所设有日本、东方、西洋三部，其中尤以东方研究部的中国研究最为著名，以中国的社会、政治、历史、革命史、古典文学为重点，在唐诗、元曲、尚书正义、天工开物、汉书律历志的研究上远胜于日本其他大学，为世界大学中的佼佼者。
所内藏有研究汉学的珍贵中国文献41万册，其中有些是连我国国内也难找到的。比如商甲骨文、汉籍拓本，以及日本从我国各地带回来的像片、地图、录像带、缩微影片等。考古研究中心发掘、调查、研究进而保护古城京都的历史古迹起了重要作用。
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